| # | 學校名稱 | 類型 | 委辦 | 鄉鎮市區 | 備註 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 馬公國中 | 偏遠地區 | 是 | 馬公市 | |
| 2 | 中正國中 | 偏遠地區 | 是 | 馬公市 | 分班分校缺額與本校分開 |
| 3 | 澎南國中 | 偏遠地區 | 是 | 馬公市 | |
| 4 | 文光國中 | 偏遠地區 | 是 | 馬公市 | |
| 5 | 中正國中虎井分部 | 特偏地區 | 是 | 馬公市 | 分班分校缺額與本校分開 |
| 6 | 西嶼國中 | 特偏地區 | 是 | 西嶼鄉 | |
| 7 | 望安國中 | 特偏地區 | 是 | 望安鄉 | |
| 8 | 將澳國中 | 特偏地區 | 是 | 望安鄉 | |
| 9 | 七美國中 | 特偏地區 | 是 | 七美鄉 | |
| 10 | 白沙國中 | 特偏地區 | 是 | 白沙鄉 | |
| 11 | 吉貝國中 | 特偏地區 | 是 | 白沙鄉 | |
| 12 | 鳥嶼國中 | 特偏地區 | 是 | 白沙鄉 | |
| 13 | 湖西國中 | 特偏地區 | 是 | 湖西鄉 |