| # | 學校名稱 | 類型 | 委辦 | 鄉鎮市區 | 備註 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 美崙國中 | 一般地區 | 是 | 花蓮市 | 原民校 |
| 2 | 花崗國中 | 一般地區 | 是 | 花蓮市 | 原區校 |
| 3 | 國風國中 | 一般地區 | 是 | 花蓮市 | 原區校 |
| 4 | 自強國中 | 一般地區 | 否 | 花蓮市 | 原民校 |
| 5 | 秀林國中 | 一般地區 | 是 | 新城鄉 | 原民校 |
| 6 | 新城國中 | 一般地區 | 是 | 新城鄉 | 原民校 |
| 7 | 花蓮特殊教育學校 | 一般地區 | 是 | 吉安鄉 | 原區校 |
| 8 | 吉安國中 | 一般地區 | 是 | 吉安鄉 | 原民校 |
| 9 | 宜昌國中 | 一般地區 | 是 | 吉安鄉 | 原民校 |
| 10 | 化仁國中 | 一般地區 | 是 | 吉安鄉 | 原民校 |
| 11 | 壽豐國中 | 一般地區 | 否 | 壽豐鄉 | 原民校 |
| 12 | 平和國中 | 偏遠地區 | 否 | 壽豐鄉 | 原民校 |
| 13 | 南平中學 | 偏遠地區 | 否 | 鳳林鎮 | 原區校 |
| 14 | 鳳林國中 | 一般地區 | 否 | 鳳林鎮 | 原民校 |
| 15 | 萬榮國中 | 偏遠地區 | 否 | 鳳林鎮 | 原民校 |
| 16 | 光復國中 | 偏遠地區 | 是 | 光復鄉 | 原民校 |
| 17 | 富源國中 | 偏遠地區 | 是 | 光復鄉 | 原民校 |
| 18 | 豐濱國中 | 特偏地區 | 是 | 豐濱鄉 | 原民校 |
| 19 | 瑞穗國中 | 偏遠地區 | 否 | 瑞穗鄉 | 原民校 |
| 20 | 玉里國中 | 一般地區 | 是 | 玉里鎮 | 原民校 |
| 21 | 玉東國中 | 特偏地區 | 否 | 玉里鎮 | 原民校 |
| 22 | 三民國中 | 特偏地區 | 否 | 玉里鎮 | 原民校 |
| 23 | 富里國中 | 偏遠地區 | 是 | 富里鄉 | 原民校 |
| 24 | 富北國中 | 偏遠地區 | 否 | 富里鄉 | 原民校 |
| 25 | 東里國中 | 偏遠地區 | 是 | 富里鄉 | 原民校 |