| # | 學校名稱 | 類型 | 委辦 | 鄉鎮市區 | 備註 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 臺東大學體育高中附設國中 | 一般地區 | 是 | 臺東市 | 原民校 |
| 2 | 臺東大學附屬特殊教育學校 | 一般地區 | 是 | 臺東市 | 原區校 |
| 3 | 新生國中 | 一般地區 | 是 | 臺東市 | 原區校 |
| 4 | 東海國中 | 一般地區 | 是 | 臺東市 | 原民校 |
| 5 | 寶桑國中 | 一般地區 | 是 | 臺東市 | 原民校 |
| 6 | 卑南國中 | 一般地區 | 是 | 臺東市 | 原民校 |
| 7 | 豐田國中 | 一般地區 | 是 | 臺東市 | 原民校 |
| 8 | 知本國中 | 一般地區 | 是 | 臺東市 | 原民校 |
| 9 | 綠島國中 | 特偏地區 | 是 | 綠島鄉 | |
| 10 | 蘭嶼高中附設國中 | 特偏地區 | 是 | 蘭嶼鄉 | 原民校 |
| 11 | 桃源國中 | 偏遠地區 | 是 | 延平鄉 | 原民校 |
| 12 | 初鹿國中 | 偏遠地區 | 是 | 卑南鄉 | 原區校 |
| 13 | 鹿野國中 | 偏遠地區 | 是 | 鹿野鄉 | 原民校 |
| 14 | 瑞源國中 | 偏遠地區 | 是 | 鹿野鄉 | 原民校 |
| 15 | 關山國中 | 偏遠地區 | 是 | 關山鎮 | 原民校 |
| 16 | 海端國中 | 偏遠地區 | 是 | 海端鄉 | 原民校 |
| 17 | 池上國中 | 偏遠地區 | 是 | 池上鄉 | 原民校 |
| 18 | 都蘭國中 | 偏遠地區 | 是 | 東河鄉 | 原民校 |
| 19 | 泰源國中 | 特偏地區 | 是 | 東河鄉 | 原民校 |
| 20 | 新港國中 | 特偏地區 | 是 | 成功鎮 | 原民校 |
| 21 | 長濱國中 | 極偏地區 | 是 | 長濱鄉 | 原民校 |
| 22 | 大王國中 | 偏遠地區 | 是 | 太麻里鄉 | 原民校 |
| 23 | 賓茂國中 | 偏遠地區 | 是 | 太麻里鄉 | 原民校 |
| 24 | 大武國中 | 極偏地區 | 是 | 大武鄉 | 原民校 |